🏗️ I take data problems to learn new tools in the route to solve them, motivated by causal questions and reproducible research.
🔓 Continuously integrating open science, software development and teaching online good practices!
🌱 Interested in systems developmental biology, quantitative and bioengineering approaches, & living matter configuration principles.
⛑️ This website contains links to all my (reusable) scientific contributions. Here is a structured pdf version of my cv/resume.
R
lesson for The GRAPH
Network;R
user, expert
tidy
data wrangler and
ggplot2
visualization enthusiast.bash
for
automation, shh
for
remote computing, and shiny
for reactive
dashboards.R
in epidemiology, data
science education, and applied
biostatistics;@avallecam
.🔖 [editorial][ES] Health Data Science: Applications at CDC Perú, 2019 https://avallecam.github.io/health_data_science_editorial/
🔖 [opinion][ES] Data and transparency to fight against the coronavirus, 2020 https://ojo-publico.com/1718/datos-y-transparencia-para-luchar-contra-el-coronavirus
library(tidyverse)
library(scholar)
library(knitr)
id <- "p1Tq4esAAAAJ"
scholar::get_publications(id) %>%
as_tibble() %>%
select(title:year) %>%
arrange(desc(cites)) %>%
knitr::kable()
title | author | journal | number | cites | year |
---|---|---|---|---|---|
Early transmission dynamics of COVID-19 in a southern hemisphere setting: Lima-Peru: February 29th–March 30th, 2020. | CV Munayco, A Tariq, R Rothenberg, GG Soto-Cabezas, MF Reyes, … | Infectious Disease Modelling | 115 | 2020 | |
Metodologías cuantitativas: Cálculo del tamaño de muestra con STATA y R | AM Quispe, DF Pinto, MR Huamán, GM Bueno, A Valle-Campos | Revista del Cuerpo Médico del HNAAA | 13 (1), 78-83 | 111 | 2020 |
SARS-CoV-2 prevalence associated to low socioeconomic status and overcrowding in an LMIC megacity: A population-based seroepidemiological survey in Lima, Peru | MF Reyes-Vega, MG Soto-Cabezas, F Cárdenas, KS Martel, A Valle, … | EClinicalMedicine | 34, 100801 | 68 | 2021 |
Malaria Transmission and Spillover across the Peru–Ecuador Border: A Spatiotemporal Analysis | AK Gunderson, RE Kumar, C Recalde-Coronel, LE Vasco, … | International Journal of Environmental Research and Public Health | 17 (20), 7434 | 23 | 2020 |
IgG subclass responses to excreted-secreted antigens of Plasmodium falciparum in a low-transmission malaria area of the Peruvian Amazon | R Saavedra-Langer, J Marapara, A Valle-Campos, S Durand, … | Malaria journal | 17 (1), 328 | 10 | 2018 |
Recomendaciones para describir de forma adecuada una curva epidémica de COVID-19 | S Loyola, A Valle, S Montero, G Carrasco-Escobar | Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública | 37 (2) | 6 | 2020 |
Perfiles hematológicos en pacientes infectados con malaria en un área endémica del Perú | V Pinedo-Cancino, KM Arista, A Valle-Campos, R Saavedra-Langer, … | Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Publica | 39, 336-344 | 2 | 2022 |
Clinical features of Guillain–Barré syndrome and factors associated with mortality during the 2019 outbreak in Peru | MF Reyes-Vega, MG Soto-Cabezas, AN Soriano-Moreno, … | Journal of Neurology | 1-8 | 2 | 2022 |
Unravelling heterogeneous malaria transmission dynamics in the Peruvian Amazon: insights from a cross-sectional survey | V Pinedo-Cancino, KM Arista, GC Baldeviano, R Saavedra-Langer, … | Malaria Journal | 23 (1), 209 | 0 | 2024 |
status: learning in progress!
🖐️ [ES] Introduction to statistical analysis of epidemics, 2021
🖐️ [ES] Introduction to R and Rstudio, 2021
🖐️ [ES] Introduction to ggplot2, 2021
🖐️ [ES] Introduction to the use of R projects, 2021
🖐️ [ES] Epidemiological analysis in R, 2019
🖐️ [ES] Linear models in R, 2019
🖐️ [ES] Inferential statistics in R, 2019
🖐️ [ES] Microarray analysis with Tidyverse and Bioconductor, 2019
🖐️ [ES] Reproducible Science and Microarray Analysis, 2017
📌 [ES] Data analysis in epidemiological surveillance II: spatial analysis, 2021
📌 [ES] Data analysis in epidemiological surveillance I: person, place, time and epidemic curve, 2021
📌 [ES] Visualizing public health and field epidemiology data, 2021
📌 [ES] Algorithms for the detection of aberrations in epidemiological surveillance, 2020
📌 [ES] Tardigrades and Bioinformatics in Horizontal Gene Transfer, 2016
📌 [ES] Gene regulatory networks using graph theory and finite automatas, 2015-2017
🔔 serosurvey: Serological Surveys and Prevalence Estimation Under Misclassification, 2021
🔔 [ES] Introduction to spatial analysis, 2021
🔔 [ES] Analysis of #multiple epidemics and prevalences with R and purrr, 2020
🔔 [ES] Causal questions for hypothetical interventions, 2020
🔔 [ES] Hypothesis testing with nonparametric statistical methods, 2020
🔔 [ES] Epidemiological analysis of the epidemic of Guillain Barré Syndrome in Peru, 2019
🔔 [abstract][ES] Changes in the morbidity and mortality profiles in Peru (2002-2016). Aplications with R and cdcper R package, 2019
🔔 Human mobility and malaria history in a periurban community of the Peruvian Amazon, 2019
🔔 [ES] R applied to epidemiology, 2019
🔔 [ES] cdcper: data report and visualization in CDC Peru using R, 2019
🏗️ Yo tomo problemas de datos para aprender nuevas herramientas en la ruta para resolverlos, motivado por preguntas causales y la investigación reproducible.
🔓 ¡Integrando continuamente ciencia abierta, el desarrollo de software y buenas prácticas para la enseñanza en línea!
🌱 Interesado en biología de sistemas del desarrollo, enfoques cuanti y de bioingeniería, y los principios de configuración de la materia viva.
⛑️ Este sitio web contiene enlaces a todas mis contribuciones científicas (reutilizables) y una versión estructurada en pdf de mi cv/resume en inglés.
R
para The GRAPH
Network;R
,
experto limpiador de datos (tidy
) y
entusiasta de la visualización de
ggplot2
.bash
para la
automatización, shh
para la
computación remota, y shiny
para tableros
reactivos.R
en epidemiología,
educación en ciencias de los datos y
bioestadística aplicada;@avallecam
.🔖 [editorial] Ciencia de datos en salud: Aplicaciones en el CDC Perú, 2019 https://avallecam.github.io/health_data_science_editorial/
🔖 [opinión] Datos y transparencia para luchar contra el coronavirus, 2020 https://ojo-publico.com/1718/datos-y-transparencia-para-luchar-contra-el-coronavirus
library(tidyverse)
library(scholar)
library(knitr)
id <- "p1Tq4esAAAAJ"
scholar::get_publications(id) %>%
as_tibble() %>%
select(title:year) %>%
arrange(desc(cites)) %>%
knitr::kable()
title | author | journal | number | cites | year |
---|---|---|---|---|---|
Early transmission dynamics of COVID-19 in a southern hemisphere setting: Lima-Peru: February 29th–March 30th, 2020. | CV Munayco, A Tariq, R Rothenberg, GG Soto-Cabezas, MF Reyes, … | Infectious Disease Modelling | 115 | 2020 | |
Metodologías cuantitativas: Cálculo del tamaño de muestra con STATA y R | AM Quispe, DF Pinto, MR Huamán, GM Bueno, A Valle-Campos | Revista del Cuerpo Médico del HNAAA | 13 (1), 78-83 | 111 | 2020 |
SARS-CoV-2 prevalence associated to low socioeconomic status and overcrowding in an LMIC megacity: A population-based seroepidemiological survey in Lima, Peru | MF Reyes-Vega, MG Soto-Cabezas, F Cárdenas, KS Martel, A Valle, … | EClinicalMedicine | 34, 100801 | 68 | 2021 |
Malaria Transmission and Spillover across the Peru–Ecuador Border: A Spatiotemporal Analysis | AK Gunderson, RE Kumar, C Recalde-Coronel, LE Vasco, … | International Journal of Environmental Research and Public Health | 17 (20), 7434 | 23 | 2020 |
IgG subclass responses to excreted-secreted antigens of Plasmodium falciparum in a low-transmission malaria area of the Peruvian Amazon | R Saavedra-Langer, J Marapara, A Valle-Campos, S Durand, … | Malaria journal | 17 (1), 328 | 10 | 2018 |
Recomendaciones para describir de forma adecuada una curva epidémica de COVID-19 | S Loyola, A Valle, S Montero, G Carrasco-Escobar | Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública | 37 (2) | 6 | 2020 |
Perfiles hematológicos en pacientes infectados con malaria en un área endémica del Perú | V Pinedo-Cancino, KM Arista, A Valle-Campos, R Saavedra-Langer, … | Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Publica | 39, 336-344 | 2 | 2022 |
Clinical features of Guillain–Barré syndrome and factors associated with mortality during the 2019 outbreak in Peru | MF Reyes-Vega, MG Soto-Cabezas, AN Soriano-Moreno, … | Journal of Neurology | 1-8 | 2 | 2022 |
Unravelling heterogeneous malaria transmission dynamics in the Peruvian Amazon: insights from a cross-sectional survey | V Pinedo-Cancino, KM Arista, GC Baldeviano, R Saavedra-Langer, … | Malaria Journal | 23 (1), 209 | 0 | 2024 |
estado: ¡aprendizaje en curso!
🖐️ Introducción al análisis estadístico de epidemias, 2021
🖐️ Introducción a R y Rstudio, 2021
🖐️ Introducción a ggplot2, 2021
🖐️ Introducción al uso de proyectos en R, 2021
🖐️ Análisis epidemiológico en R, 2019
🖐️ Modelos lineales en R, 2019
🖐️ Estadística inferencial en R, 2019
🖐️ Análisis de microarreglos con Tidyverse y Bioconductor, 2019
🖐️ Ciencia reproducible y análisis de microarrays, 2017
📌 Análisis de datos en vigilancia epidemiológica II: análisis espacial, 2021
📌 Análisis de datos en vigilancia epidemiológica I: persona, lugar, tiempo y curva epidémica, 2021
📌 Visualización de datos de salud pública y epidemiología de campo, 2021
📌 Algoritmos para la detección de aberraciones en la vigilancia epidemiológica, 2020
📌 Tardígrados y bioinformática en la transferencia horizontal de genes, 2016
📌 Redes reguladoras de genes utilizando teoría de grafos y autómatas finitos, 2015-2017
🔔 [EN] serosurvey: Encuestas serológicas y estimación de la prevalencia bajo clasificación errónea, 2021
🔔 Introducción al análisis espacial, 2021
🔔 Análisis de #epidemias múltiples y prevalencias con R y purrr, 2020
🔔 Preguntas causales para intervenciones hipotéticas, 2020
🔔 Pruebas de hipótesis con métodos estadísticos no paramétricos, 2020
🔔 Análisis epidemiológico de la epidemia del síndrome de Guillain Barré en el Perú, 2019.
🔔 [resumen] Cambios en los perfiles de morbilidad y mortalidad en el Perú (2002-2016). Aplicaciones con R y el paquete R cdcper, 2019.
🔔 [EN] Movilidad humana e historia de la malaria en una comunidad periurbana de la Amazonía peruana, 2019.
🔔 R aplicado a la epidemiología, 2019
🔔 cdcper: reporte y visualización de datos en CDC Perú usando R, 2019