I’m Andree Valle Campos y uso muchos emojis •ᴗ•

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I’m a 🇵🇪 who works in epidemiology, serology, and outbreak research using 💻 health data science!


🏗️ I take data problems to learn new tools in the route to solve them, motivated by causal questions and reproducible research.

🔓 Continuously integrating open science, software development and teaching online good practices!

🌱 Interested in systems developmental biology, quantitative and bioengineering approaches, & living matter configuration principles.

⛑️ This website contains links to all my (reusable) scientific contributions. Here is a structured pdf version of my cv/resume.


vitae

bio

now
bio
  • 🏠 I have trained in scientific computing practices for genetics and biotech, and applied statistics in epidemiology;
  • 📜 I did my MSc research about human mobility and malaria history in the peruvian amazon (UPCH, 2018);
  • 📜 I did my BSc research about antibody responses and severe vivax malaria with protein microarrays (UNMSM, 2015);
skills
  • ⚙️ I am a proficient R user, expert tidy data wrangler and ggplot2 visualization enthusiast.
  • ☁️ I am fluid with bash for automation, shh for remote computing, and shiny for reactive dashboards.
  • 📀 I have tried to make statistical workflows with omic, serological, gps, health service, and outbreak spatio-temporal data;
  • 🥤 I have complemented my training with awesome communities: ictp-saifr, codata-rda, recon, metadocencia, carpentries;
contact
  • 💬 Ping me about R in epidemiology, data science education, and applied biostatistics;
  • 📫 Reach me: avallecam at gmail;
  • 🐤 Tweet me: @avallecam.

works

writings
publications
  • 📚 I have my list of academic publications in orcid and scholar;
library(tidyverse)
library(scholar)
library(knitr)

id <- "p1Tq4esAAAAJ"

scholar::get_publications(id) %>% 
  as_tibble() %>% 
  select(title:year) %>% 
  arrange(desc(cites)) %>% 
  knitr::kable()
title author journal number cites year
Early transmission dynamics of COVID-19 in a southern hemisphere setting: Lima-Peru: February 29th–March 30th, 2020. CV Munayco, A Tariq, R Rothenberg, GG Soto-Cabezas, MF Reyes, … Infectious Disease Modelling 115 2020
Metodologías cuantitativas: Cálculo del tamaño de muestra con STATA y R AM Quispe, DF Pinto, MR Huamán, GM Bueno, A Valle-Campos Revista del Cuerpo Médico del HNAAA 13 (1), 78-83 111 2020
SARS-CoV-2 prevalence associated to low socioeconomic status and overcrowding in an LMIC megacity: A population-based seroepidemiological survey in Lima, Peru MF Reyes-Vega, MG Soto-Cabezas, F Cárdenas, KS Martel, A Valle, … EClinicalMedicine 34, 100801 68 2021
Malaria Transmission and Spillover across the Peru–Ecuador Border: A Spatiotemporal Analysis AK Gunderson, RE Kumar, C Recalde-Coronel, LE Vasco, … International Journal of Environmental Research and Public Health 17 (20), 7434 23 2020
IgG subclass responses to excreted-secreted antigens of Plasmodium falciparum in a low-transmission malaria area of the Peruvian Amazon R Saavedra-Langer, J Marapara, A Valle-Campos, S Durand, … Malaria journal 17 (1), 328 10 2018
Recomendaciones para describir de forma adecuada una curva epidémica de COVID-19 S Loyola, A Valle, S Montero, G Carrasco-Escobar Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública 37 (2) 6 2020
Perfiles hematológicos en pacientes infectados con malaria en un área endémica del Perú V Pinedo-Cancino, KM Arista, A Valle-Campos, R Saavedra-Langer, … Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Publica 39, 336-344 2 2022
Clinical features of Guillain–Barré syndrome and factors associated with mortality during the 2019 outbreak in Peru MF Reyes-Vega, MG Soto-Cabezas, AN Soriano-Moreno, … Journal of Neurology 1-8 2 2022
Unravelling heterogeneous malaria transmission dynamics in the Peruvian Amazon: insights from a cross-sectional survey V Pinedo-Cancino, KM Arista, GC Baldeviano, R Saavedra-Langer, … Malaria Journal 23 (1), 209 0 2024

resources

R packages 📦

status: learning in progress!

lifeguards
  • 📑 I have a code cheatsheet full of reproducible examples in gist;
  • 🌍 I have contributed answers for the stackoverflow community;
  • 💌 I collect helpful links for a lot of topics in a public trello board.

workshops

workshops

🖐️ [ES] Introduction to statistical analysis of epidemics, 2021

🖐️ [ES] Introduction to R and Rstudio, 2021

🖐️ [ES] Introduction to ggplot2, 2021

🖐️ [ES] Introduction to the use of R projects, 2021

🖐️ [ES] Epidemiological analysis in R, 2019

🖐️ [ES] Linear models in R, 2019

🖐️ [ES] Inferential statistics in R, 2019

🖐️ [ES] Microarray analysis with Tidyverse and Bioconductor, 2019

🖐️ [ES] Reproducible Science and Microarray Analysis, 2017


lectures

lectures

📌 [ES] Data analysis in epidemiological surveillance II: spatial analysis, 2021

📌 [ES] Data analysis in epidemiological surveillance I: person, place, time and epidemic curve, 2021

📌 [ES] Visualizing public health and field epidemiology data, 2021

📌 [ES] Algorithms for the detection of aberrations in epidemiological surveillance, 2020

📌 [ES] Tardigrades and Bioinformatics in Horizontal Gene Transfer, 2016

📌 [ES] Gene regulatory networks using graph theory and finite automatas, 2015-2017


talks

talks

🔔 serosurvey: Serological Surveys and Prevalence Estimation Under Misclassification, 2021

🔔 [ES] Introduction to spatial analysis, 2021

🔔 [ES] Analysis of #multiple epidemics and prevalences with R and purrr, 2020

🔔 [ES] Causal questions for hypothetical interventions, 2020

🔔 [ES] Hypothesis testing with nonparametric statistical methods, 2020

🔔 [ES] Epidemiological analysis of the epidemic of Guillain Barré Syndrome in Peru, 2019

🔔 [abstract][ES] Changes in the morbidity and mortality profiles in Peru (2002-2016). Aplications with R and cdcper R package, 2019

🔔 Human mobility and malaria history in a periurban community of the Peruvian Amazon, 2019

🔔 [ES] R applied to epidemiology, 2019

🔔 [ES] cdcper: data report and visualization in CDC Peru using R, 2019


about

about me

avallecam
  • 🌞 Stands for andree valle campos.
  • 💕 I intentionally used cam because #tusan

español

inicio

Soy un 🇵🇪 que trabaja en epidemiología, serología y brotes con 💻 ciencia de datos de salud!


🏗️ Yo tomo problemas de datos para aprender nuevas herramientas en la ruta para resolverlos, motivado por preguntas causales y la investigación reproducible.

🔓 ¡Integrando continuamente ciencia abierta, el desarrollo de software y buenas prácticas para la enseñanza en línea!

🌱 Interesado en biología de sistemas del desarrollo, enfoques cuanti y de bioingeniería, y los principios de configuración de la materia viva.

⛑️ Este sitio web contiene enlaces a todas mis contribuciones científicas (reutilizables) y una versión estructurada en pdf de mi cv/resume en inglés.


vitae

bio

ahora
bio
  • 🏠 Me he formado en computación científica aplicada a la genética y biotecnología, y estadística aplicada en epidemiología;
  • 📜 Hice mi investigación MSc sobre la movilidad humana y la historia de la malaria en la amazonía peruana (UPCH, 2018);
  • 📜 Hice mi investigación BSc sobre respuestas de anticuerpos y malaria vivax severa con microarrays de proteínas (UNMSM, 2015);
habilidades
  • ⚙️ Soy un competente usuario de R, experto limpiador de datos (tidy) y entusiasta de la visualización de ggplot2.
  • ☁️ Tengo fluidez con bash para la automatización, shh para la computación remota, y shiny para tableros reactivos.
  • 📀 He intentado realizar flujos de trabajo estadísticos con datos ómicos, serológicos, gps, servicios de salud y espacio-temporales de brotes;
  • 🥤 He complementado mi formación con comunidades impresionantes: ictp-saifr, codata-rda, recon, metadocencia, carpentries;
contacto
  • 💬 Escríbe me sobre R en epidemiología, educación en ciencias de los datos y bioestadística aplicada;
  • 📫 Ponte en contacto conmigo: avallecam at gmail;
  • 🐤 Tuitéame: @avallecam.

obras

escritos
publicaciones
  • 📚 Tengo mi lista de publicaciones académicas en orcid y scholar;
library(tidyverse)
library(scholar)
library(knitr)

id <- "p1Tq4esAAAAJ"

scholar::get_publications(id) %>% 
  as_tibble() %>% 
  select(title:year) %>% 
  arrange(desc(cites)) %>% 
  knitr::kable()
title author journal number cites year
Early transmission dynamics of COVID-19 in a southern hemisphere setting: Lima-Peru: February 29th–March 30th, 2020. CV Munayco, A Tariq, R Rothenberg, GG Soto-Cabezas, MF Reyes, … Infectious Disease Modelling 115 2020
Metodologías cuantitativas: Cálculo del tamaño de muestra con STATA y R AM Quispe, DF Pinto, MR Huamán, GM Bueno, A Valle-Campos Revista del Cuerpo Médico del HNAAA 13 (1), 78-83 111 2020
SARS-CoV-2 prevalence associated to low socioeconomic status and overcrowding in an LMIC megacity: A population-based seroepidemiological survey in Lima, Peru MF Reyes-Vega, MG Soto-Cabezas, F Cárdenas, KS Martel, A Valle, … EClinicalMedicine 34, 100801 68 2021
Malaria Transmission and Spillover across the Peru–Ecuador Border: A Spatiotemporal Analysis AK Gunderson, RE Kumar, C Recalde-Coronel, LE Vasco, … International Journal of Environmental Research and Public Health 17 (20), 7434 23 2020
IgG subclass responses to excreted-secreted antigens of Plasmodium falciparum in a low-transmission malaria area of the Peruvian Amazon R Saavedra-Langer, J Marapara, A Valle-Campos, S Durand, … Malaria journal 17 (1), 328 10 2018
Recomendaciones para describir de forma adecuada una curva epidémica de COVID-19 S Loyola, A Valle, S Montero, G Carrasco-Escobar Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública 37 (2) 6 2020
Perfiles hematológicos en pacientes infectados con malaria en un área endémica del Perú V Pinedo-Cancino, KM Arista, A Valle-Campos, R Saavedra-Langer, … Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Publica 39, 336-344 2 2022
Clinical features of Guillain–Barré syndrome and factors associated with mortality during the 2019 outbreak in Peru MF Reyes-Vega, MG Soto-Cabezas, AN Soriano-Moreno, … Journal of Neurology 1-8 2 2022
Unravelling heterogeneous malaria transmission dynamics in the Peruvian Amazon: insights from a cross-sectional survey V Pinedo-Cancino, KM Arista, GC Baldeviano, R Saavedra-Langer, … Malaria Journal 23 (1), 209 0 2024

recursos

Paquetes R 📦

estado: ¡aprendizaje en curso!

  • 💙 serosurvey - estimación de prevalencias.
  • 🚧 incidenceflow - flujos de trabajo de epidemias.
  • 💚 covid19viz - acceder a los datos de covid-19.
  • 💚 powder - análisis de potencia (tidy).
  • 🚧 sitreper - informes de situación en el Perú.
  • 💚 cdcper - funciones para el cdc perú.
  • 💚 epichannel - crear canales endémicos.
  • 💚 epitidy - tabla y salidas del modelo.
  • 🚧 epihelper - funciones personalizadas (geniales).
dashboards o tableros de comando
plantillas
salvavidas
  • 📑 Tengo una cheatsheet de código llena de ejemplos reproducibles en gist;
  • 🌍 He aportado respuestas para la comunidad stackoverflow;
  • 💌 Recopilo enlaces útiles para un montón de temas en un tablero de trello público.

talleres

talleres

🖐️ Introducción al análisis estadístico de epidemias, 2021

🖐️ Introducción a R y Rstudio, 2021

🖐️ Introducción a ggplot2, 2021

🖐️ Introducción al uso de proyectos en R, 2021

🖐️ Análisis epidemiológico en R, 2019

🖐️ Modelos lineales en R, 2019

🖐️ Estadística inferencial en R, 2019

🖐️ Análisis de microarreglos con Tidyverse y Bioconductor, 2019

🖐️ Ciencia reproducible y análisis de microarrays, 2017


clases

clases

📌 Análisis de datos en vigilancia epidemiológica II: análisis espacial, 2021

📌 Análisis de datos en vigilancia epidemiológica I: persona, lugar, tiempo y curva epidémica, 2021

📌 Visualización de datos de salud pública y epidemiología de campo, 2021

📌 Algoritmos para la detección de aberraciones en la vigilancia epidemiológica, 2020

📌 Tardígrados y bioinformática en la transferencia horizontal de genes, 2016

📌 Redes reguladoras de genes utilizando teoría de grafos y autómatas finitos, 2015-2017


charlas

charlas

🔔 [EN] serosurvey: Encuestas serológicas y estimación de la prevalencia bajo clasificación errónea, 2021

🔔 Introducción al análisis espacial, 2021

🔔 Análisis de #epidemias múltiples y prevalencias con R y purrr, 2020

🔔 Preguntas causales para intervenciones hipotéticas, 2020

🔔 Pruebas de hipótesis con métodos estadísticos no paramétricos, 2020

🔔 Análisis epidemiológico de la epidemia del síndrome de Guillain Barré en el Perú, 2019.

🔔 [resumen] Cambios en los perfiles de morbilidad y mortalidad en el Perú (2002-2016). Aplicaciones con R y el paquete R cdcper, 2019.

🔔 [EN] Movilidad humana e historia de la malaria en una comunidad periurbana de la Amazonía peruana, 2019.

🔔 R aplicado a la epidemiología, 2019

🔔 cdcper: reporte y visualización de datos en CDC Perú usando R, 2019


sobre

sobre mí

avallecam
  • 🌞 Significa andree valle campos.
  • 💕 He utilizado intencionadamente cam porque #tusan

edit-ame
Andree Valle-Campos, 20240729